导致肠道菌群失调而引发腹泻有四大因素：

　　（一）饮食因素：运用测定细菌酶类的方法研究菌群代谢活性的结果表明，饮食可使粪便菌群发生明显改变。食物纤维能维持肠道菌群正常生态平衡，且细菌代谢纤维的终产物对小肠上皮有营养作用，纤维能维持肠粘膜细胞的正常代谢和细胞动力学。无纤维食物能促进细菌易位，而食物纤维能减少细菌易位（易位是微生物群离开原生存环境转移到另一生存环境或栖息地的一种生态现象，也受宿主(如免疫功能低下或长期使用激素、同位素、免疫抑制剂、放疗化疗以及其解剖结构功能变化等)和微生物(致病性、产毒、耐药、遗传性改变等)两方面因素影响）。

　　（二）药物的代谢因素：肠道菌群在许多药物的代谢中起重要作用，包括乳果糖、水杨酸偶氮磺胺吡啶、左旋多巴等。任何抗生素都可导致结肠菌群的改变，其取决于药物的抗菌谱及其在肠腔内的浓度。例如氯林可霉素和氨苄青霉素可造成大肠内生态学真空状态，使艰难梭菌增殖。应用甲氰咪胍等H2-受体拮抗剂可导致药物性低胃酸和胃内细菌增殖。

　　（三）年龄因素：随着年龄的增高，肠道菌群的平衡可发生改变，双尾菌减少，产气荚膜杆菌增加，前者有可能减弱对免疫机能的刺激，后者导致毒素增加使免疫受到抑制。老年人如能维持年青时的肠道菌群平衡，能够提高免疫能力。

　　（四）胃肠道免疫功能障碍因素：胃肠道正常免疫功能来自粘膜固有层的浆细胞，浆细胞能产生大量的免疫球蛋白，即分泌型IgA，此为胃肠道防止细菌侵入的主要物质。一旦胃肠道粘膜合成单体，或双体IgA，或合成分泌片功能发生障碍，致使胃肠道分泌液中缺乏分型IgA，则可引起小肠内需氧菌与厌氧菌过度繁殖，从而造成菌群失调，引起慢性腹泻。无症状的IgA缺乏者，小肠内菌群亦可过度繁殖。新生儿期菌群失调发生率较高，亦可能与免疫系统发育未成熟或不完善有关。